האזכור הראשון של אגם בייקל בהיסטוריה מתחיל בשנת 110 לפני הספירה. הסינים השאירו לצאצאים במסמכים בכתב מידע על "האגם הצפוני", אגם ביהאי. בתחילת תקופתנו פרחה תרבות הקורומצ'ין שחיה זמן רב סביב אגם בייקל. במאות ה- X-XVI הוחלפו שבטי קוריקאן, ח'ורי וטונגוס. במאות XVII-VIII. השטח סביב האגם מיושב על ידי שבטי בוריאט. הקוזקים הרוסים הגיעו לבייקל במאה ה -17.
חלוצי הקוזקים
המידע הראשון על הבוריאטים מתחיל בשנת 1609. בתחילת המאה ה -17 פותח אזור זה באופן פעיל. יסוד טומסק החל משנת 1604, בניית בית הסוהר ייניסיי - בשנת 1619, כלא קרסנויארסק - בשנת 1628. החלוצים התקדמו לאורך ורקניאיה טונגוסקה, אנגרה, לנה. בשנים 1640-1641 הוזכר באיקל ב"ציור הציור "המתאר את יובליו של נהר לנה. בהתייחס לבוריאטים מצוין: "… אנשים אחים קוראים לאגם בייקל". מצוין כי בקיץ 1640 הקוזקים הפליגו לאורך בייקל, האגם עצמו, חלק מהחוף, ואי אולחון. בעלי חיים המתוארים חלקית, תושבי החוף, אורח חייהם.
יש חוקרים שמזכירים את איוון גלקין, המפקד, שעלה על נהר אנגארה עם פלג של 30 קוזאקים, שהקים רובעי חורף ליד נהר איגירמה בשנת 1631. עם זאת, מרבית ההיסטוריונים משייכים את היציאה לאגם בייקל לשמו של קורבט איבנוב. בשנת 1643, חטיבתו חצתה את רכס פרימורסקי ולאורך נהר הסארמה, דרך ערבת קוסאיה, הגיעה לאגם בייקל בנקודה מול האי אולחון.
קורבט איבנוב אסף מסר למושל פיטר גולובין בכלא יקוצק על האדמות העשירות סביב האגם. השם "בייגאל", שהגיע משפת בוריאט, הוחלף לנוח יותר עבור השפה הרוסית "בייקל". היה זה איבנוב ששרטט את הציור הראשון של האגם, אסף מידע על הדגים שנמצאים באגם בייקל, על סוגי בעלי החיים הנושאים פרווה שעל גדותיו.
בהנחיית המידע שהתקבל, הממשלה שלחה בשנת 1644 קוזאקים לאגם בהנהגתו של וסילי קולסניקוב. הניתוק הזה חזר מיניסיסק לאחר חיפוש אחר פיקדונות של עפרות כסף. וסילי קולסניקוב סיפק את המפה השנייה של האגם. איוון פוקהאבוב בשנת 1647, בדרכו למונגוליה, חצה את הקרח על פני דרום בייקל. נבנו מצודות ברגוזינסקי ואוסט-ברגוזינסקי.
התיאור של החלק הדרומי של בייקל מובא במכתבו הרשמי של בנו הבויאר פיוטר בקטוב, מיום 1653 ומופנה למושל היניסאי אפנאסי פושקוב. פיטר בקטוב כיסה את המרחק מיניסיסק לכלא בראצק, דרך שפת הפרורווה, לאורך באיקל לסלנגה, הפליג לאורך נהרות סלנגה וחילקה.
עובדות מעניינות על גילויו ומחקרו של בייקל
ב"ציור השם ", לפיו יסאק הצאר הלך לכלא ייניסיי, קוראים לבייקל הים.
התיאור הספרותי הראשון של אגם בייקל ניתן על ידי הארכיפרסט אבבקום בספר "חייו של הארכיפרסט אבבקום", שביקר באגם בייקל בדרכו לגלות בשנת 1665. בספר, המאמין הזקן תיאר בצבעוניות את טבעו של האגם.
בשנת 1667, על "ציור הארץ הסיבירית" ניתן תמונה שלמה של אגם בייקל, שהורכבה על פי צו של פרט איבנוביץ 'גודונוב, מושל טובולסק.
המדען הראשון שנשלח לבייקל כדי ללמוד את סיביר על ידי פיטר הראשון היה ד.ג. מסרשמידט.
הסקר האינסטרומנטלי הראשון ומפה מפורטת של אגם בייקל אורכו על ידי הנווט אלכסיי פושקרב.
הטבע והחי של אזור בייקל נחקרו על ידי האקדמאים I. G. Gmelin בשנים 1732-1748, האקדמאי P. S. Pallas בשנים 1771-1773, האקדמיה I. G. Georgi.