החומר הוא אחד המושגים הבסיסיים במדע ובפילוסופיה כאחד. השאלה העיקרית של הפילוסופיה, שלעולם לא תיפתר סופית, קשורה בעדיפות התודעה או החומר. במערכות פילוסופיות שונות, מושג החומר התמלא במשמעויות שונות.
ההוגה הראשון שהשתמש במונח "חומר" היה הפילוסוף היווני הקדום אפלטון. בפילוסופיה של אפלטון מילא תפקיד חשוב על ידי רעיון "עולם הרעיונות" לעומת "עולם הדברים" וקדם לו. מנקודת מבטו של אפלטון, חומר הוא מצע של דברים. לכן, יחד עם מושג החומר, נולדה ההתנגדות של החומר לאידיאל.
באופן פרדוקסלי, הפילוסוף שהוביל את מושג החומר היה אידיאליסט - הוא ראה את האידיאל כראשוני ביחס לחומר. אבל היו גם פילוסופים מטריאליסטים בעת העתיקה - בפרט, דמוקריטוס. הוא לא רק הכריז על החומר כמציאות היחידה הקיימת, אלא גם חשב על מבנהו. לפי דמוקריטוס, החומר מורכב מאטומים - החלקיקים הקטנים ביותר שאינם ניתנים לחלוקה. מגמה פילוסופית זו, הרואה בחומר את המציאות היחידה, נקראת מטריאליזם.
אריסטו התייחס לחומר כחומר נצחי, בלתי ניתן לבלתי ניתן להריסה. החומר עצמו הוא רק קיום פוטנציאלי; הוא הופך להיות ממשי רק בשילוב עם צורה. מושג חומר זה עבר בירושה בפילוסופיה של ימי הביניים.
מושגי החומר בפילוסופיה של העת החדשה הם מאוד מגוונים. מנקודת מבט של סנסציוניזם, חומר הוא כל מה שמשפיע על החושים. ט. הובס מבחין בין חומר המתואם לצורה (גוף) לבין "חומר ללא צורה". כמה פילוסופים אידיאליסטים - בפרט ג'יי ברקלי - מכחישים את קיומו של חומר. מנקודת מבטה של הפילוסופיה של ההשכלה, קיים חומר, המתבטא בעצמים ותופעות ספציפיים.
בראשית המאה העשרים, כאשר תגליות מדעיות נאלצו לשקול מחדש באופן קיצוני את מושגי החומר שהיו קיימים שנים רבות במסגרת הפיזיקה הקלאסית, צצו תיאוריות אידיאליסטיות רבות המבוססות על נימוקים לגבי "היעלמות החומר": אם רעיונות אודות טבעו של החומר יכול להשתנות בצורה כה דרמטית, ואז החומר כשלעצמו אינו קיים. למושגים אלה התנגד המטריאליזם הדיאלקטי. על פי תפיסה זו, החומר הוא נצחי, אינסופי ובלתי נדלה, לא החומר עצמו יכול להיעלם, אלא רק גבול הידע האנושי אודותיו.
במסגרת המטריאליזם הדיאלקטי, נולדה הגדרת החומר שגובשה על ידי וי לנין: "מציאות אובייקטיבית הקיימת ללא תלות בתודעתנו וניתנת לנו בתחושות." לא ניתן לקרוא להגדרה זו בלתי ניתנת להשגה, מכיוון שלא כל רמות הארגון של החומר נגישות לתחושות - למשל, ברמה האטומית, הן אינן עובדות.
הפילוסופיה המודרנית רואה בחומר מציאות אובייקטיבית הקיימת בשתי צורות - חומר ושדה. המאפיינים הבסיסיים של החומר הם מרחב, זמן ותנועה. תנועה פירושה כל מגוון השינויים. ישנן חמש צורות של תנועה של חומר: תנועה פיזית, כימית, מכנית, ביולוגית וחברתית. אף אחד מהטפסים הללו לא יכול להיות מצומצם לאחר. לדוגמא, ניתן להסביר התקוממויות ומלחמות במונחים של דפוסים חברתיים, אך לא ביולוגיים.
